El Viceministerio de Transparencia ha iniciado la investigación más compleja y extensa en la historia del Fondo Indígena (Fondioc), unificando cientos de irregularidades en un solo proceso judicial. La denuncia, presentada este 6 de febrero, apunta a un presunto desfalco millonario ocurrido entre 2009 y 2014, involucrando la aprobación de 3.177 proyectos que habrían generado un daño económico al Estado estimado en Bs 3.197 millones.

La investigación se dirige principalmente contra el expresidente Luis Arce Catacora y tres exministras de la gestión de Evo Morales: Antonia Rodríguez (Desarrollo Productivo), Viviana Caro (Planificación) y Nemesia Achacollo (Desarrollo Rural). Todos son investigados por los delitos de incumplimiento de deberes y conducta antieconómica, al haber formado parte del directorio que autorizó el desembolso de recursos provenientes del Impuesto Directo a los Hidrocarburos (IDH) hacia cuentas particulares de dirigentes sociales. El viceministro Yamil García señaló que el 70% de los proyectos analizados incumplieron su finalidad, beneficiando incluso a comunidades inexistentes.

En el marco de las pesquisas, el fiscal Johan Muñoz tomó la declaración informativa de Luis Arce en el penal de San Pedro, donde el exmandatario cumple detención preventiva desde diciembre de 2025 por el "caso de los tomates". Asimismo, la exministra Viviana Caro presentó sus descargos ante la Fiscalía. Un documento clave en el proceso es un acta de noviembre de 2009, donde Arce habría admitido que la normativa legal de entonces no permitía transferencias de recursos públicos a cuentas privadas, sugiriendo esperar a una nueva Ley Financial para viabilizar dichos pagos. Por su parte, la defensa de Arce califica el proceso como una "persecución política" e ilegal, argumentando que el exministro no asistía personalmente a las reuniones de directorio.